Chúng ta cũng có thể dễ dàng phát hiện và cảm nhận lời dạy chân thiết của Tổ về tầm quan trọng và ý nghĩa của việc thiền tập qua từng trang Chơn lý, đặc biệt là bài Nhập định (tập I, tr.355 - 383). Tổ dạy:
“Không định không có thần thông quả linh, thì con người phải té sa vào nơi vật chất giả dối, nắm níu lấy ác tà loạn vong, chôn nhốt giết hại tâm mình. Cho nên tâm định thì trí mới huệ, huệ nhiều ít là do định. Định nhiều thì huệ nhiều, định ít thì huệ ít, không định thì không có huệ.” (Chơn Lý, tập I, tr. 357).
“Muốn có Định thì phải có Niệm. Niệm tưởng ghi nhớ một câu, một việc, một lời, một điều gì đó, mới được định. Cũng như nước bị đựng trong tô chén để yên lặng thì sẽ định, cái ý nhờ bị trói buộc một chỗ mà phải đứng ngừng, đến lâu sau quen lần, mới không còn loạn động”. (Chơn lý, tập I, tr 364).
“Hễ định được thì thần thông và trí huệ sẽ có một lượt. Từ định mau đến lâu là quả linh và đạo lý cũng sẽ có từ ít tới nhiều, tự nhiên nơi ta sẵn có. Nếu không xao động che đậy là nó yên trụ và xuất hiện ra, chứ chẳng cầu vái nơi ngoài, ai cho mà có được”. (Chơn lý, tập I, tr. 370).
Bài Số tức quan (tập III, tr. 301-322), Tổ sư trình bày pháp tu dựa trên hơi thở bằng cách đếm hơi thở theo trình độ hành giả khác nhau, thậm chí để ngừa bệnh và trị bệnh, nhưng tinh hoa bí yếu vẫn là giữ thái độ khách quan đối với hơi thở, nghĩa là không can thiệp vào hơi thở:
“Tất cả những phép tu tập hơi thở có khó dễ khác nhau, nhưng chẳng có cách nào qua lẽ tự nhiên bình thường này, là người ta phải đừng cố ý chăm chú vào riêng hơi thở, nhưng người ta mỗi lúc nào cũng phải ngăn đón sự thái quá thở mạnh, càng bất cập thở nhẹ, tức là phải giữ làm sao hơi thở được mực trung điều hòa nhau như sợi dây ngang thẳng, chẳng cho gợn sóng, như cái vòng tròn không cho móp méo” (tr. 315-6).
“Vậy thì tất cả phép tu, không có phép nào qua sự tự nhiên, vì tự nhiên chơn như là định, trung đạo. Còn các pháp tu là dùng trừ thái quá bất cập, để đặng giữ cái trung đạo tự nhiên chơn như định, chớ không phải tu là để tìm thái quá bất cập, hai bên lề. Bởi cái sống, biết, linh là ai cũng đang có, mà vì bị thái quá bât cập, tà pháp ngăn che ám muội. Hiểu như thế tức là cũng như không có tu tập luyện rèn chi, miễn đừng thái quá bất cập vọng loạn, và không nên chấp có hơi thở tưởng đếm chỉ số tức quan” (tr. 316).
Chi tiết hơn là trong phân Pháp vi tế về ĐỊNH trong Luật nghi khất sĩ, Tổ đã liệt kê đầy đủ 40 đề mục thiền định theo bộ Thanh tịnh đạo luận. Không những thế, trong mỗi mục còn chi tiết hóa như “30 đề mục đem đến nhập định”, “11 đề mục có thắng lực đem tâm từ sơ định tới ngũ định”, tu tập “11 đề mục có thắng lực đem tâm đến sơ định”, v.v… Từ trang 132 đến 158 liệt kê các chi pháp của thiền định, qua đó cho thấy, Tổ sư đã nghiên cứu kỹ thiền định như thế nào. Điều này giup chúng ta có thể nhận định rằng tông chỉ của Tổ sư lấy định làm nền tảng, làm điểm tựa rồi mới khởi quán như truyền thống thiền Pa-Auk ở Miến Điện.
Một vài tịnh xá do chư tôn đức lãnh đạo hệ phái trụ trì có khuynh hướng hành thiền tương đối mạnh. Tịnh xá Ngọc Viên, Tổ đình của hệ pháp tại Vĩnh Long do HT.Giác Giới trụ trì chủ trương Tăng Ni, Phật tử tu tập chuyển hóa thân tâm theo tinh thần ứng dụng Giới - Định - Tuệ trong Kinh tạng Pàli do Đức Phật giáo huấn và Chơn lý của Tổ sư giảng dạy. Tịnh xá Trung Tâm, quận Bình Thạnh, TP.HCM do HT.Giác Toàn trụ trì, mỗi ngày từ 6.00-6.45 toàn thể chư Tăng sinh trụ xứ và quý Phật tử đều tu tập thiền tọa. Một vài chư tôn đức giáo phẩm của hệ phái, như HT.Giác Ngộ, trụ trì tịnh xá Ngọc Thiền, Đà Lạt cũng xiển dương thiền tập theo phong cách và có khuynh hướng của Tổ sư Thiền. Gần đây, một số Tăng Ni sinh hệ phái sau khi tốt nghiệp ở HVPGVN (Trường Cao cấp Phật học cũ) có cơ duyên đi tham học và tịnh tu một thời gian ở Ấn Độ và Miến Điện dưới sự hướng dẫn của các thiền sư thời danh. Ở một chừng mực nào đó, một vài vị nắm vững được cương yếu của pháp môn hành trì. Sau khi về nước, các vị đem hết khả năng mình cùng với chư tôn đức hệ phái tổ chức các khóa tu ngắn ngày dành cho giới xuất gia lẫn tại gia. Sự thành tựu được ghi nhận, các vị xuất gia tham dự các khóa tu rất phấn khởi, tinh tấn và đặt trọn niềm tin với Chánh pháp. Các vị cư sĩ, mặc dù có những khó khăn nhất định khi phải khép mình trong một khuôn khổ đơn giản thanh bần, tiết độ trong ăn uống, và hành trì giới luật một cách nghiêm cẩn, tu theo lộ trình thân-thọ-tâm-pháp (Tứ niệm xứ); phần lớn đều rất phấn khởi với pháp môn tu mà chư Tăng Ni đã thọ học, hành trì và triển khai.
Các khóa thiền phần lớn theo mô hình tổng hợp những điều hay ở các trường thiền quốc tế và cũng như những điểm độc đáo mang tính biệt truyền của hệ phái. Các khóa thiền tập diễn ra phần lớn là 3 ngày 4 đêm, 7 ngày 8 đêm hoặc 10 ngày 11 đêm. Vì diện tích tịnh xá, thiền đường và điều kiện kinh tế các miền tịnh xá còn nhiều khó khăn, nên phần lớn không đưa tin rộng rãi mà chỉ thông báo ở một, hai tịnh xá lân cận để hỗ trợ lẫn nhau trong tu tập.
Lộ trình tu tập hầu hết bám sát vào bài kinh Tứ Niệm Xứ trong Trường Bộ kinh hoặc một số bài kinh trong Trung Bộ như Thân Hành Niệm, Nhập Tức Xuất Tức Niệm, Tứ Niệm Xứ, v.v…hoặc một số kinh luận Đại thừa. Gương hạnh của Đức Phật, chư vị Tổ sư Trung Hoa, Việt Nam và các bậc Trưởng lão của hệ phái như là những tấm gương sáng cho hành giả. Phần Niệm thân thay vì đi hết lộ trình niệm thân như bài kinh Niệm Thân trong Trung Bộ, mà chỉ tu tập quán niệm hơi thở rồi chuyển sang niệm thọ, niệm tâm hoặc niệm pháp. Trong các khóa thiền tập dưới sự hướng dẫn của các vị học ở Ấn Độ về, phần lớn nhấn mạnh đến phần niệm hơi thở và niệm thọ theo truyền thống thiền của ngài N.S. Goenka. Các vị có duyên học ở Miến về có khuynh hướng tổng hợp các thế mạnh của các trường thiền Panditarama, Shew-Oo-Min, Mogok hoặc Mahasi.
Để giúp các thiền sinh có thể ứng dụng lời dạy của Đức Phật trong các tư thế đi, đứng, nằm, ngồi và trong mọi sinh hoạt hàng ngày, các vị đã mô phỏng theo truyền thống các thiền sư Miến Điện, đặc biệt là các trung tâm thiền quán hướng dẫn thực hành chánh niệm trong từng bước chân và trong từng mọi cử động của thân. Điều này lần lần giúp thiền sinh có thể chánh niệm và định tĩnh trong mọi sinh hoạt hằng ngày và hiệu suất công tác ngày càng cao hơn. Đối với các vị thiền sinh có khả năng phát triển định lực thông qua thiền tọa từ 2-3 tiếng một lúc, các vị hướng dẫn cho các vị phát triển định lực thông qua quán niệm hơi thở cho đến khi nào quang tướng (nimita) xuất hiện thì chuyển qua quán tâm. Nói tóm lại, việc tu tập của các khóa thiền do các Đại đức và quý Sư cô tổ chức nhắm đến hai mục đích, đó là làm an tịnh các hành, có khả năng khống chế và làm lắng dịu tạm thời các phiền não, thuật ngữ Phật học gọi là Thiền chỉ (Samatha). Một khi định lực đã đủ mạnh, có khả năng soi rọi và quán sát các chặp tâm phiền não để nhận diện và loại trừ, lúc bấy giờ chức năng trí tuệ làm việc để nhận rõ danh sắc, hay nói cách khác là thấy rõ (Vipassana) sự sanh sanh diệt diệt của cái gọi là thân tâm, thuật ngữ nhà Phật gọi là danh sắc, hay ngũ uẩn, và đỉnh cao của nó là kinh nghiệm được thân tâm và vạn pháp là vô thường, bất toại nguyện và không thực thể.
Tóm lại, pháp tu thiền của hệ phái Khất sĩ, từ thời Tổ sư đến nay cũng không có gì khác biệt với các truyền thống Phật giáo khác. Xuất phát từ quan điểm kế thừa và phát huy những tinh hoa tư tưởng của các truyền thống khác trong bối cảnh văn hóa Việt Nam, nên pháp tu của hệ phái Khất sĩ cũng không ngần ngại kế thừa và hành trì những điểm độc đáo, những tinh hoa mà mỗi hành giả có cơ duyên tiếp cận, thẩm thấu và hành trì. Các thiền viện lý tưởng dành cho chư Tăng Ni hệ phái Khất sĩ - cho những ai dành trọn đời mình cho sự nghiệp giác ngộ, giải thoát đang được chư tôn đức hệ phái định hình và tiếp sức hỗ trợ.